b站课程视频链接：
https://www.bilibili.com/video/BV19x411X7C6?p=1
腾讯课堂(最新，但是要花钱，我花99😢😢元买了，感觉讲的没问题，就是知识点结构有点乱，有点废话）：
https://ke.qq.com/course/3707827#term_id=103855009
 
本笔记前面的笔记参照b站视频，【后面所有画图笔记】参考了付费视频
笔记顺序做了些调整【个人感觉逻辑顺畅】，并删掉一些不重要的内容，以及补充了个人理解
系列笔记目录【持续更新】：https://blog.csdn.net/weixin_42214698/category_11393896.html
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1. R语言绘图系统介绍

R 语言具有强大的绘图功能，可以满足科研绘图的需求，越来越多的文章中采用 R 语言来进行绘图。
按照绘图方式，R 语言可以分为四大绘图系统，分别是：
1、R 基础绘图系统               3、lattice 绘图
2、Grid 绘图系统                 4、ggplot2 绘图。
除此之外，R 还有非常多的扩展包，几乎可以完成任何形式的绘图要求，无论是 2D 绘图还是 3D 绘图。最新的 shinny 包，还可以绘制交互式的绘图操作

学习途径：
数据可视化：https://www.data-to-viz.com/
R 绘图合集：https://www.r-graph-gallery.com/

1.1 图的类型

1、分布：散点图，密度图，直方图，直方图，小提琴图等
2、关系型：散点图，热图，相关性，气泡图等
3、变化趋势：条形图，雷达图，星云图，玫瑰风向图等
4、整体部分：堆叠（分组）条形图，饼图，树形图等
5、进化：折线图，面积图，时间序列图等；

1.2 数据维度

对于 R 语言绘图来说，最重要的其实是数据，也就是数据结构。每一个函数都有固定的数据结构要求，所以在画图之前必须了解数据的维度，是一维数据还是二维数据还是多维数据。以及是连续数据，还是分类数据。
不同类型以及不同维度的数据采用不同的展现模式。
一般来说，数据的维数越高，展示起来越复杂。

• 一维数据比较容易，一般常用点图，线图，饼图等来展示。
• 二维数据一般是矩阵，可以使用热图，条形图的等。
• 多维数据，一般采用多种元素来展现。
  例如，同一个点，可以通过点的大小对应（映射）数据大小，点的颜色，形状对应分类数据

1.3 绘图获取帮助

R 语言有非常完善的帮助系统，一般的绘图函数都有详细的帮助文档以及案例数据，可以通过 R 自带的案例数据进行学习。了解每个函数所需数据结构。此外，可以通过 example()函数运行绘图函数自带的案例数据。
然后在将自己的数据结构“做成”与案例数据结构一样的即可

example(boxplot)
demo (graphics)
demo(persp)

1.4 绘图设备

默认 R 绘图展示在绘图窗口中，可以直接显示，可以通过设置修改默认绘图设备。
绘图设备也称为图形设备” (Devices)，指的是一个绘图的窗口或文件。
默认的绘图设备为屏幕显示（也就是Rstudio的右下角），也可以直接保存为文件。
不同的文件类型属于不同的绘图设备。R 支持的常用的绘图设备有以下几种：

在各种 R 的绘图设备中，最常用的为 X11 和 pdf。

• X11 在绘图调试过程中非常方便，不用每次打开绘图文件，属于边绘图边查看的方式，所见即所得，这种交互式的方式适合调整图形，例如修改不同的绘图选项参数。
• 在确定最终绘图方式并生成图形文件进行保存时，推荐使用pdf 格式，因为 R 绘制的 pdf 图形为矢量图（不失真）， pdf 通用性较强，便于后期调整。绘制 pdf 图形的函数为 pdf() 。

当绘图函数开始执行时，如果没有打开绘图设备，那么 R 将打开一个绘图窗口来展示这个图形，默认打开的就是 X11 窗口，也可以使用命令 x11() 来直接打开一个绘图窗口。
R 可以同时打开多个绘图设备，dev.list( )最后一个设备将作为绘图时使用的设备，随后的所有图形都将在这上面显示。

# 打开（默认）窗口
x11()
# 图片直接输出到pdf中【当前工作目录】
pdf("文件名.pdf")     

# 可以显示所有打开的设备列表。
dev.list() 

# 关闭虚拟号为3的设备窗口
dev.off(3)

2. 高级绘图与低级绘图

按是否能够自动创建新的图形，R 的绘图函数可以分为两类——高级绘图函数和低级绘图函数。
高级绘图函数可以创建一个新的图形，低级绘图函数是在现有的图形上添加元素。

一般的，使用高级绘图命令绘制图形的框架，使用低级绘图命令对图形进行补充。
另外，R 的绘图参数是对图形进行个性化修饰和调整的

2.1 高级绘图命令

R 中的高级绘图命令约有 20 多种，这里将最为常用的高级绘图命令概括如下：

2.2 低级绘图命令

R 中的低级绘图命令是针对现存图形的处理的，是对高级绘图命令产出的图形进行的补充。下面是一些主要的低级绘图命令：

3. 绘图参数

直接在 R 编辑器中输入命令 par()或者 par( no.readonly=TRUE)都可以获取当前的各个绘图参数。

3.1 符号和线条

pch：指定绘制点所使用的符号，取值范围[0, 24]，其中 4 是“差号”，20 是“点”
cex：指定符号的大小。cex 是一个数值，表示 pch 的倍数，默认是 1.5 倍【即点的大小，对点进行缩放】
lty：指定线条类型。lty=1 代表实线，2 至 6 都是虚线，虚的程度不一样
lwd：指定线条宽度，默认值为 lwd=1，可以适当修改 1.5 倍、2 倍等

3.2 颜色

col：默认绘图颜色。某些函数(如 lines、pie)可以接受一个含有颜色值的向量，并自动循环使用。
col.axis：坐标轴刻度文字的颜色，不是坐标轴的颜色
col.lab：坐标轴标签(名称)的颜色
col.main：标题的颜色
col.sub：副标题的颜色
fg：图形的前景色
bg：图形的背景色

3.3 文本属性(用来指定字号、字体、字样)

cex.axis：坐标轴刻度文字的缩放倍数
cex.lab：坐标轴标签(名称)的缩放倍数
cex.main：标题的缩放倍数
cex.sub：副标题的缩放倍数
font：整数。用于指定字体样式。1 常规、2 粗体、3 斜体、4 粗斜体

3.4 图形尺寸与图形边界

pin：以英寸表示图形的宽和高
mai：以数值向量表示边界大小，顺序为"下、左、上、右"，单位为英寸
48 / 110
mar：以数值向量表示边界大小，顺序为"下、左、上、右"，单位为英分，默认值 c(5, 4, 4,
2)+0.1

3.5 标题

可以使用函数 title，格式为：title(main = " ", sub = " ", xlab = " ", ylab = "")

3.6 坐标轴

axes=FALSE 将禁用全部坐标轴，框架和刻度全部没有了
xaxt="n" 禁用 x 轴的刻度线
yaxt="n" 禁用 y 轴的刻度线
xlim x 坐标轴的范围，只写出最小值和最大值
ylim y 坐标轴的范围，只写出最小值和最大值
side：一个整数。表示在图形的哪边绘制坐标轴（1=下，2=左，3=上，4=右）
at：一个数值向量，表示需要绘制刻度线的位置
labels：一个字符型向量(也可以是数值型)，表示刻度线旁边的文字标签(刻度值)，如果整个不
写，则直接使用 at 的值
col：线条和刻度的颜色
lty：线条类型
las：标签的字体是否平行(=0)或者垂直(=2)坐标轴
tck：刻度线的长度(默认值-0.01，负值表示刻度在图形外，正值表示刻度在图形内侧)

3.7 参考线

abline(h=yvalues, v=xvalues)

3.8 图例(legend)

 legend(location, title, legend, ……)

4. 绘图函数包

R 语言绘图强大之处就在于 R 包含众多的绘图扩展包，几乎可以完成任何形式的绘图要求，而且还在不断增加之后，下面列出了 28 个实用程序包：