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第四次考核 Jimmy 学徒考核 Linux安装软件 rnaseq上游分析

news 来源：原创 2024/11/2 18:36:17

1 首先需要参考在全新服务器配置转录组测序数据处理环境

修改命令行配色颜色

echo  'export PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"' >> ~/.bashrc
source  ~/.bashrc

添加命令

export PATH=$PATH:/path/to/bwa-0.7.12/bin # Add bwa to your PATH by editing ~/.bashrc file (or .bash_profile or .profile file)

在全新服务器配置转录组测序数据处理环境

1.1 配置conda环境配置conda下载环境

# 首先下载文件，20M/S的话需要几秒钟即可
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 接下来使用bash命令来运行我们下载的文件，记得是一路yes下去
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 
#  安装成功后需要更新系统环境变量文件
source ~/.bashrc


conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add cha